El plan de estudios del Doctorado en Ciencias tiene una duración oficial de 10 semestres e incluye la acreditación de materias de tronco común y/o materias obligatorias u optativas, que deben ser cursadas durante los primeros 3 semestres. La escritura y aprobación del anteproyecto de tesis es en el tercer semestre y a partir del cuarto semestre el estudiante debe hacer la presentación pública de un seminario y aprobarlo de acuerdo con la calificación otorgada por su comité tutorial, asimismo deberá sustentar y aprobar el examen predoctoral en el noveno semestre. El programa presenta una estructura flexible, que de acuerdo al rediseño recientemente aprobado, permite que las materias obligatorias u optativas de una acentuación puedan ser consideradas como optativas para el resto de las acentuaciones. 

Plan de Estudios