El Doctorado en Ciencias Biológicas fue creado por profesores de la Facultad de Ciencias Biológicas y aprobado por el H. Consejo Universitario en marzo de 1994. En noviembre de ese mismo año el programa fue aceptado en el Padrón Nacional de Programas de Posgrado de Excelencia del CONACYT como Posgrado de Excelencia (PE), en el que permaneció hasta el 2002. 

En 2002, el programa calificó dentro del Programa Institucional de Fomento al Posgrado (PIFOP). En 2004 fue reestructurado y cambió su nombre a Doctorado en Ciencias, modificando también las opciones terminales a las seis acentuaciones vigentes (Alimentos, Entomología Médica, Manejo y Administración de Recursos Vegetales, Manejo de Vida Silvestre y Desarrollo Sustentable, Nutrición y Tecnología de Alimentos para Organismos Acuáticos, y Química de Productos Naturales). Esta modificación fue aprobada por el H. Consejo Universitario el 1 de diciembre del 2004. 

En 2006, se logró la incorporación del programa al Padrón Nacional de Posgrado (PNP) y en la última evaluación realizada en el 2011, el programa permaneció en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del CONACYT.