Los estudiantes del programa tienen un profesor del Programa de Maestría que funge como tutor y asesor-director de tesis, quién guía al estudiante durante la realización de su tesis de investigación en una de las seis Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC). Además, la Subdirección de Posgrado asigna desde el inicio al estudiante un Comité Tutorial, constituido por profesores del programa de posgrado, los cuales evalúan semestralmente los avances en el tiempo establecido, tanto de los créditos adquiridos al cursar las unidades de aprendizaje, así como de los avances de los objetivos planteados en su proyecto de tesis.

También la Subdirección de Posgrado asigna al estudiante una Comisión de Tesis, constituida por cinco profesores del Programa de Maestría incluyendo a su director de tesis, que da seguimiento semestralmente a los avances científicos y técnicos del proyecto de tesis del estudiante, y al finalizar la parte experimental de la misma, revisa el manuscrito de la tesis aportando sugerencias constructivas. Además, los miembros de la Comisión de Tesis generalmente constituyen posteriormente el jurado del examen de grado de estudiante. Por ser un Programa de Posgrado orientado a la investigación, el examen de grado como opción de titulación lo constituye la defensa de la tesis de investigación realizada por el estudiante.